São Mateus é o oitavo município mais antigo do Brasil, sétimo mais populoso do estado do Espírito Santo. Pela tradição, os primeiros colonizadores foram os portugueses que chegaram a São Mateus por volta de 1544. Foi fundada em 21 de setembro de 1544, recebendo autonomia municipal apenas em 1764.
São Mateus é um marco na colonização. Primitivamente, o município de São Mateus foi habitado pelos índios Aymorés, também conhecidos como Botocudos, que receberam esse nome por causa dos botoques que usavam nos lábios e orelhas, e se concentravam às margens do Rio Cricaré, onde os primeiros colonizadores portugueses chegaram em 1554 e se instalaram à margem direita do rio.
Há notícias de que, sobressaltados com as frequentes investidas dos índios, os colonos de Vasco Fernandes Coutinho dividiram-se em grupos abandonando a capitania, fugindo para as capitanias mais próximas, ou dirigindo-se ao interior. Alguns desses colonos poderiam ter rumado para o norte, em direção ao rio São Mateus. O mais provável é que os primeiros colonos tenham vindo da vizinha Capitania de Porto Seguro, cujo donatário era Pero do Campo Tourinho.
Originalmente, chamava-se Povoado do Cricaré, sendo rebatizado no ano de 1566 pelo padre José de Anchieta para o nome de São Mateus. A origem do nome remete à visita do padre José de Anchieta à cidade num dia 21 de setembro, data que é celebrada em homenagem ao Evangelista São Mateus.
A vila de São Mateus passou a ser subordinada ao governo do Estado da Bahia e, a partir desse momento, houve um grande crescimento, pois, muitas famílias baianas de renome vinham morar na Vila. A Vila de São Mateus virou Município pelo Ato Provincial de 03 de abril de 1848, mas a celebração ocorre no dia 21 de setembro, início da colonização europeia, em 1544.
O Porto de São Mateus teve grande importância no passado. Por muitos anos, foi palco de comércio de negros escravizados. Ali, desembarcou grande parte dos negros que vieram para o Brasil, e que foram para todo o norte do Espírito Santo, sul da Bahia e outras regiões. A produção de farinha de mandioca, café e madeira de toda a região era escoada através desse porto, que se tornou um dos mais importantes da costa brasileira. O grande número de africanos que chegaram a São Mateus muito contribuiu para a construção da cultura, da culinária e da religiosidade do município.
É considerado o município com a maior população negra do estado. Tal fato se dá, pois, até a segunda metade do século XIX, o Porto de São Mateus era uma das principais portas de entrada de negros no Brasil. Também há a forte presença de italianos, que são responsáveis pela colonização de grande parte dos sertões mateenses. É uma das cidades mais antigas do país, berço da escravidão e que preserva até hoje comunidades quilombolas.
A característica principal da economia de São Mateus é a sua diversificação. A agricultura, pecuária e fruticultura são atividades fortíssimas no Município. Também merece destaque especial o petróleo, explorado desde os anos 60. Além disso, o comércio local é referência no norte do Estado e extremo sul da Bahia.
Até o final da década de 1940, os meios de transporte de passageiros e mercadoria utilizados para toda a região norte do Espírito Santo eram os animais (cavalos e tropas de muares). Havia também uma ferrovia, e intenso movimento no Porto, com pequenas embarcações. Vendiam-se mercadorias na Vila e Interior, como Barra de São Francisco, Nova Venécia, Boa Esperança, Jaguaré, etc. – todas pertenciam ao território de São Mateus. Devido a pouca profundidade e largura do rio em alguns lugares, os navios só podiam entrar ou sair da cidade a cada 15 dias, nas luas cheias e novas, períodos em que as marés são mais altas.